تركت المسيرة في بعلبك مسجد رأس الإمام الحسين عليه السلام الذي بناه أهل المدينة ندماً على ما فعلوه في الموقع الذي وضع فيه الأمويين الرأس الشريف بعدما تبين لهم حقيقة أمر الموكب بأنه عائد لأهل بيت العصمة عليهم السلام. فقد انطلت عليهم الإشاعة الاموية بالانتصار على الخوارج مما جعل أهالي بعلبك يستقبلون ركب الأسارى الحسيني بالاهازيج والافراح حتى تبيّن لهم الظلم الاموي بحق آل بيت النبوة فندموا على فعلتهم.
بقي هذا المسجد متواضعاً حتى شيّده الظاهر بيبرس المملوكي عام (676هـ) و كان يقال له المسجد المعلق لأنه أقيم في موقع معبد روماني وسط الماء في منطقة رأس العين. والمسجد اليوم هو عبارة عن بقايا لسوره وبضعة قناطر وقواعد لأعمدة وقد اقيم فيه مصلى يؤمّه العديد من المؤمنين للصلاة والمواساة.
زيّنت جدار مدخل المسجد الأيسر لوحة كتب عليها ((بسم الله الرحمن الرحيم، مسجد رأس الامام الحسين (ع) ومقام ابنه الامام زين العابدين (ع)، بعد واقعة كربلاء سيّر جيش يزيد بن معاوية لع نساء وأطفال الحسين (ع) مع الرأس الشريف في المدن الاسلامية بعنوان أنهم خوارج عن الدين الحنيف حتى وصلوا الى مدينة بعلبك وأقاموا في هذا المكان مخيّم للاستراحة جنب نبع الماء وبعد ان علم أهل المدينة أن هذا الموكب ليسوا بخوارج كما زعم الجيش وبأنهم أولاد رسول الله (ص) وفاطمة وعلي (ع) بنوا في موضع الرأس الشريف مسجدا تقرّبا الى الله وأصبح مزارا للمؤمنين وفي عهد المماليك أمر الظاهر بيبرس بتوسيع المسجد بطريقة هندسية مميزة إجلالا لأهل البيت (ع) وحفر على الصخر بداخله إسم علي (ع) بخط هندسي ولا يزال حتى الآن هذا المسجد مزارا للمؤمنين الموالين لأهل البيت عليهم السلام)).
