تتالت الأحداث حتى انتقلت الخلافة من المدينة المنورة الى الكوفة في عهد الامام علي بن ابي طالب عليه السلام.
- سنة 586 ق. م هاجر اليهود إليها في عهد الملك بختنصر وتعتبر قبيلة قينقاع اشهر القبائل اليهودية وأغناها التي سكنت في الجزء الجنوبي من المدينة واشتهرت بصناعة الذهب. لقد سكن العرب من العمالقة مدينة يثرب قبل هجرة القبائل العربية القادمة من اليمن بعد سيل العرم الأول ( عام 450 م ) وقبل نزوح اليهود إليها.
- في الفترة مابين ( 447 ـ 532 م ) بدأت هجرة القبائل العربية إليها ومنهم قبيلة الأوس والخزرج.
- وقعت معارك عديدة بين قبيلتي الأوس والخزرج منها حرب سمير ( نسبة إلى الرجل الذي أشعلها واسمه ( سمير بن زيد) ، حرب حاطب ، حرب بعاث ، موقعة السرارة ، موقعة فارغ ، موقعة الفجار الأولى والثانية.
- سنة 620 م تم أول اتصال بين الرسول ( صلى الله عليه وآله وسلم ) وأهل يثرب عند قدومهم للحج في مكة وتكرر ذلك سنة 622 م في عام الهجرة.
- سنة 622 م بدأت الهجرة النبوية الشريفة من مكة إلى المدينة حيث وصل الرسول ( صلى الله عليه وآله وسلم ) قباء في يوم الاثنين 8 ربيع الأول من العام الأول للهجرة ومكث فيها أربعة أيام حيث أصلح بين قبائل الأوس والخزرج كما خطط لنفسه ولآل بيته داراً بعد أن انشأ مسجده فيها.
- في ظهر يوم الثلاثاء في النصف من شعبان سنة 2 هـ حولت القبلة من بيت المقدس إلى الكعبة المشرفة ، وفي هذه السنة أيضا فرض الصوم ، ووقعت غزوة بدر ، وفي هذه السنة أيضا تزوج علي بن أبي طالب كرم الله وجهه من السيدة فاطمة الزهراء عليها السلام.
- سنة 3 للهجرة ولد الإمام الحسن بن علي عليهما السلام ، كما وقعت غزوة أحد ، واستشهد حمزة بن عبدالمطلب رضي الله عنه ، وهناك أحداث كثيرة وقعت في السنوات اللاحقة للهجرة النبوية منها غزوة بني النضير ، غزوة ذات الرقاع ، غزوة الخندق ، غزوة بني قريظة ، بيعة الرضوان ، صلح الحديبية ، غزوة خيبر ، وفي هذه السنة أيضا بدأت الرحلات المتتابعة لقبائل اليهود من المدينة إلى الشام.
- سنة 36 هـ آثر الخليفة علي بن أبي طالب عليه السلام أن يبقى في العراق فانتـقل مركز الخلافة من المدينة إلى الكوفة.
- سنة 41 هـ أصبحت المدينة إمارة من إمارات الدولة الأموية.
- سنة 62 هـ ثار اهل المدينة بقيادة عبدالله بن الزبير ضد الحكم الأموي حيث عمل خندقا وسورا في الجهة الشمالية للمدينة ، ولكن تم القضاء على الثورة بعد ان اباح يزيد بن معاوية المدينة ودخلها مسلم بن عقبة بجنده إلى المدينة بواقعة الحرة.
- سنة 230 هـ وفي عهد الخليفة الواثق تعرضت المدينة للهجوم من ( بني هلال ) فسبب خراب العديد من مبانيها.
- سنة 578 هـ نزل الجنود الصليبيون ينبع ولكن صُدوا بقيادة احد أفراد عائلة صلاح الدين الأيوبي.
- سنة 654 هـ انتـقلت السلطة من الدولة العباسية إلى المماليك الذين كثرت المنازعات الداخلية في زمانهم وتدهور عمران المدينة.
- سنة 1916 م وبسبب الحرب العالمية الأولى قامت السلطة التركية في المدينة بهدم المباني حول الحرم بهدف تسهيل الدفاع عنها.
- سنة 1950م هدم السور المحيط بالمدينة ولم يبقَ منه غير اجزاء من ( الباب المصري).
- سنة 1971م احترقت المباني والأسواق في الجهة الغربية من المسجد النبوي الشريف فأتى الحريق على بعض تراثها المعماري.
